Courses

Basic bachelor course introducing the digital image processing field

Read more

Intermediate bachelor course giving overview in digital image processing

Read more

The students solve interesting digital image processing projects and present their results to others.

Read more

Seminar of the Centre for Biomedical Image Analysis focused on discussing bioimage analysis problems and solutions

Read more

The course is focused on state-of-the-art mathematically well-founded methods of digital image analysis and processing.

Read more

Master course discussing problems that arise from object digitalization and their representation by the set of points on a grid. Especially, it deals with measurent geometric as well as topologic properties of digital sets (distance, length, volume, etc.).

Read more

Advanced master course on commonly used image filtering techniques (lossy/lossless compression, resampling, deconvolution) with the focus on orthogonal transforms (Fourier, Wavelet, PCA)

Read more

Advanced master course on mathematical morphology theory and algorithms with its application mostly to grayscale digital images

Read more

Master course on principles of image acquisition with focus on optical image formation and digital image detection

Read more

Introduction into biochemistry, especially structure and function of biomolecules and their roles in the cell

Read more

Introduction into molecular biology and into general processes by which the cells express their genetic information

Read more

Basics of biology, especially chemical structure of living organisms, cell biology, genetics, evolution and animal physiology

Read more

Popular topics of cloning, GMO, civilization and epidemic diseases, genome therapy, evolution and future of Homo sapiens, (eco)toxicology

Read more

Student Projects

Aplikace pro počítání mincí

Cílem je vyvinout jednoduchou aplikaci pro počítání mincí včetně nominální hodnoty, např. pro účely Noci vědců.

Implementace algoritmu pro adaptivní filtrování

Cílem projektu je implementovat a otestovat algoritmus pro adaptivní filtrování obrazu, který je založený na morfologických amébách

Rozklad obrazu na globálně optimální superpixely

Cílem projektu je naimplementovat a experimentálně vyzkoušet postup provádějící rozklad obrazu do superpixelů s využitím globální optimalizace pomocí diferenciální evoluce.

Detekce buněk pomocí metody rychlé radiální symetrie

Cílem projektu je naimplementovat a experimentálně vyzkoušet metodu na detekci buněk ve 2D mikroskopických obrazech.

Automatické měření tloušťky vláken

Automatické měření tloušťky vláken ve spolupráci s firmou Tescan

Automatizovaná kefalometrická analýza v měkkých tkáních

Automatizovaná detekce bodů Pg', Li', Ls', Pn' v rámci kefalometrické analýzy v měkkých tkáních

Rozpoznávání čísel hráčů na dresu

Úkolem je v záznamu sportovního utkání detekovat hráče, na nich čísla a ty rozpoznat. Ve spolupráci s firmou Daite, s.r.o.

Rotačně nezávislé popisovače textur

Řešitel tohoto projektu naprogramuje a otestuje novou metodu, která slouží k charakterizaci vzhledu obrazových dat na základě textury. Důležitou vlastností této metody je nezávislosti výsledků analýzy na otočení vstupního obrazu.

Rekonstrukce snímků pořízených na mikroskopu fungujícím na principu fázového kontrastu

Řešitel tohoto projektu nastuduje, naprogramuje a následně otestuje vybranou metodu sloužící k rekonstrukci obrazových dat ze snímků pořízených pomocí fázového kontrastu.

Bachelor Thesis

Efektivní implementace rychlé konvoluce v Matlabu

Cílem této práce bude nastudovat problematiku štěpení výpočtu konvoluce nad velkoobjemovými daty pomocí přístupu 'overlap-save' a 'overlap-add'. Student navrhne a implementuje matlabovskou funkci realizující kombinaci těchto algoritmů.

Semiautomatická analýza trasologických obrazových dat

Cílem této práce je navrhnout a implementovat aplikaci pro semiautomatickou analýzu trasologických obrazových dat podešví obuvi.

Rozklad obrazu na globálně optimální superpixely

Cílem této práce je naimplementovat a experimentálně vyzkoušet postup provádějící rozklad obrazu do superpixelů s využitím globální optimalizace pomocí diferenciální evoluce.

Rozšíření výukové aplikace PA166-Tester o parametrické aktivní kontury

Cílem této práce je reimplementovat metody segmentace obrazu využívající parametrické aktivní křivky podle existující implementace v Matlabu a začlenit je do výukové aplikace PA166-Tester včetně podpůrného uživatelského rozhraní.

Diploma Thesis

Tvorba obrazu umělé buňky s využitím neuronových sítí

Cílem této práce bude důkladné seznámení se s principy generativního modelování s využitím principů soupeřících neuronových sití a následné funkční řešení ve vhodném programovacím jazyce.

Vylepšení obrazu řízené tensorem fázové kongruence

Cílem práce je naimplementovat anisotropní difúzní filtr řízený tensorem fázové kongruence a experimentálně ověřit jeho možnosti na multidimenzionálních obrazových datech.

Vadí ztrátová komprese analýze obrazu?

Práce se věnuje kompresi různých druhů biomedicínských obrazů. Je nutné provést testování různých kompresních algoritmů a zhodnotit závislost přijatelnosti kvality obrazu (nejenom vizuálně, ale i pro následnou analýzu) na kompresním poměru. Přijatelnost bude hodnocena porovnáním výsledků analýzy komprimovaného obrazu oproti analýze na originálu.

Studium přesnosti měření v mikroskopii pomocí simulací

Student bude provádět simulace zkreslení umělých objektů pomocí optické soustavy (nástroj je k dispozici) a na zkreslených objektech bude provádět měření (délky, polohy, objemu, apod.) a porovná naměřené hodnoty s originálem. Popíše závislost nepřesností měření na různých faktorech (parametry optiky, množství šumu, parametry nastavované při analýze obrazu a měřeních).

PhD Thesis

Open PhD topic: Cell image analysis and synthesis

One PhD position is available from Feb 15, 2019. Deadline for applications is Dec 15, 2018. Click on the title for more details.